Apesar do material genômico das células procariontes estar localizado no citoplasma e o das células eucariontes no núcleo, ambos estão enovelados por proteínas histônicas e não histônicas.

Os procariontes e eucariontes possuem plasmídeo. Os do primeiro estão localizados no citoplasma e os do segundo nas mitocôndrias.

A parede celular das células procarióticas é composta por peptideoglicano, ao passo que a dos eucariontes são constituídas por quitina (fungos) e celulose (vegetais).

Os procariontes não possuem organelas membranares e os eucariontes possuem de 6 a 8 organelas, dependendo da espécie.

Os procariontes se locomovem por meio de estruturas na parede celular denominadas fímbrias. Os eucariontes se locomovem com o auxílio de flagelos localizados na membrana celular.